Implantada em 19 de janeiro de 1976 quando o Departamento da Produção Animal, da Secretaria Estadual da Agricultura, foi transformado em Instituto de Zootecnia. A estação era uma gleba desmembrada do Instituto Penal Agrícola – IPA com cerca de 276 hectares com a denominação de Posto Experimental de Criação de São José do Rio Preto, na área que compreende hoje o Aeroporto Eribelto Manoel Reino, Cidade da Criança e Distrito Industrial Waldemar de Oliveira Verdi. Em 14 de março de 1973, uma área do IPA foi transferida à Secretaria Estadual da Agricultura pela Secretaria Estadual da Justiça para a implantação da Estação Experimental. A partir de 7 de fevereiro de 1975 ficou definida uma área de 299,70 hectares para abrigar a Estação, à margem da rodovia Washington Luiz, ficando parte do terreno no município de Rio Preto e parte no município de Mirassol. Entre seus diretores-pesquisadores destacam-se Paulo Gastão da Cunha de 1976 a 1985, Roberto Molinari Peres de 1985 a 1989 e de 1998 a 1999, Leopoldo Andrade de Figueiredo, Delcácio Joaquim da Silva, Paulo Alves de Siqueira, Wignez Henrique, José Luiz Viana Coutinho Filho de 1993 a 1998,Roberto Molinari Peres de 1998 a 1999 e Célio Luiz Justo de 1989 a 1993 e a partir de 1999.
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