Monsenhor Joaquim Manoel Gonçalves e o professor Francisco Felipe Caputo fundaram em 15 de agosto de 1929 o Ginásio Diocesano, com objetivo de resolver um problema que afligia os jovens rio-pretenses: a continuidade dos estudos. As aulas tiveram início logo no dia seguinte, com 12 alunos. Era uma escola particular e a procura foi grande, o que ensejou a construção de um prédio próprio, na Boa Vista, cuja pedra fundamental foi lançada em 16 de dezembro de 1933 e, menos de um ano depois, em 19 de novembro de 1934, era feita a inauguração, cuja solenidade foi presidida pelo bispo D. Lafayette Libânio e coube ao aluno João H. Alberto Richter discursar em nome dos colegas. A saudação em nome da diretoria e dos docentes ficou a cargo de Philadelpho Gouveia Neto; o cônego Henrique Magalhães fez uma conferência sobre pedagogia, enquanto o bispo D. Lafayette fez o encerramento.
Ainda em 1932, a escola teve sua denominação alterada para Ginásio São Joaquim. Em 1939, tornou-se público, com o nome de Ginásio Estadual até 1943, quando se tornou Colégio Estadual. Em 2 de agosto de 1949, o governador Adhemar de Barros alterou o nome para Colégio Estadual Monsenhor Gonçalves. A lei estadual 2.218, de 8 de agosto de 1953, assinada pelo governador Lucas Garcez, transforma o colégio em Instituto de Educação Monsenhor Gonçalves. Em 20 de janeiro de 1976, se tornou Escola Estadual de Segundo Grau Monsenhor Gonçalves. Em 1988, passou a ter a denominação atual Escola Estadual Monsenhor Gonçalves. Seu prédio está localizado na rua Presciliano Pinto, nº 940, na Boa Vista. É a única escola dotada de um auditório próprio.
Seu primeiro diretor foi Francisco Felipe Caputo de 1929 a 1948 e de 1953 a 1955; Dídio Silveira Baldy, de 1949 a 1951; Álvaro Duarte de Almeida, de 1953 a 1955; João Deoclécio da Silva Ramos, de 1956 a 1959; Antonio Parisi, de 1959 a 1961; José Cavariani, de 1961 a 1963; Maria de Lourdes Freire Machado, de 1963 a 1974; Anita Buchalla, de 1974 a 1976; Nilza Bolin Evangelista, de 1976 a 1989; Maria Auxiliadora M. Perin, de 1989 a 1990; Ailta Luiza Arantes Ferreira, de 1990 e 1993; Liliane Veradino Spina, de 1991 a 1992; João Manual de Jesus Duarte Rosa, de 1993 a 1999; e Joana Coelho de Carvalho Silvado, a partir de 1999.
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