A busca por terras para cultivo de lavoura foi o que atraiu para a região os pioneiros. Quando chegaram os primeiros lavradores mineiros, a partir de 1820, todo o território que hoje forma a região de São José do Rio Preto, a partir de Jaboticabal e Araraquara, era habitado por três aglomerações indígenas: os Kainguangue no lado esquerdo do Tietê, em maior número. Atual município de Barbosa; um pequeno grupo de Guarani, no espigão do rio Preto, entre os córregos Canela e Borá, atual centro de São José do Rio Preto; e outro pequeno grupo de Kaiapós, na margem direita do rio Turvo, onde surgiria mais tarde a cidade de Riolândia.
A floresta debruçava-se sobre os espigões dos rios Turvo e Tietê e, por cerca de 40 anos, desde a fundação da cidade, em 1852, a agricultura praticada na região podia ser considerada de subsistência. Poucos lavradores reuniam condições de levar sua produção para os centros urbanos mais próximos: Jaboticabal e Araraquara. Alguns criadores, em especial os que lidavam com suínos e equinos, vendiam seus produtos nas duas cidades.
A partir de 1892, quando o coronel Carlos de Castro, o capitão José Maria e o padre Ferraz conseguiram fazer a ligação de Santana do Paranaíba com Viradouro (entre as atuais cidades de Valentim Gentil e Meridiano), estabeleceu-se uma nova rota de comércio que possibilitou a expansão da agricultura rio-pretense. Os três pioneiros mato-grossenses romperam o isolamento de Paranaíba e permitiram aos fazendeiros rio-pretenses o escoamento de seus produtos, em especial o tabaco e o aguardente ´para aquela região. Viradouro era um ponto perdido no meio da floresta, perto de onde hoje se encontra a cidade de Meridiano. Entre Rio Preto e Viradouro surgiu a vila de Jataí, atual Tanabi. Viradouro era o último ponto de um picadão no meio da floresta feito pelos fazendeiros. Esse picadão serviu, em 1895, para o traçado da comissão do engenheiro Olavo Hummel, que abriu a estrada do Taboado.
A agricultura em São José do Rio Preto teve impulso com a lavoura do café. No início de 1879, Bernardino Canuto Ribeiro arrendou terras de Vitalino Martins Teixeira, na Fazenda Alegria, para fazer o primeiro plantio de café. Nesse ano, Martinho Isidoro Gonçalves também se arriscou com o café. Ambos sofreram enormes prejuízos, uma vez que seus cafezais em formação foram dizimados por uma geada.
A Câmara Municipal instituiu em 29 de setembro de 1910, uma série de prêmios para estimular o incremento da agricultura no Município, reservando no Orçamento de 1911 verbas para os prêmios divididos nas seguintes categorias: para o lavrador que colher a maior quantidade de trigo, acima de 50 sacas, prêmio de 1:000$000 (um conto de réis); para o que colher a maior quantidade de algodão, acima de 100 arrobas, 500$000 (quinhentos mil réis); criador que apresentar o melhor e mais belo exemplar de gado vacum e gado cavalar prêmios de 500$000. Não há nenhum registro sobre a entrega desses prêmios.
Álbum de Rio Preto de 1918 demonstra que nos primeiros anos do século predominava na região a criação de gado, com grandes fazendas espalhadas na região, como a Fazenda Aparecida, do coronel José Octaviano de Paula e a Fazenda Cachoeira, de Presciliano Pinto. A fazenda Pentateuco Colombo, dos irmãos Basileu e Cândido Brasil Estrella, era um exemplo: com mil e quinhentos alqueires, tinha 300 mil pés de café, 90 hectares com canaviais e 500 hectares em pastagens, empregando 150 famílias que residiam no local. A sede dessa fazenda tinha olaria, serraria completa, moinho de fubá, máquina de beneficiar arroz e produzia sua própria energia elétrica, além de manter comunicação telefônica com a cidade de Mirassol.
No início dos anos de 1920, a região registrava o plantio de mais de 20 milhões de pés de café, apesar dos estragos constantes causados pelas geadas. É preciso esclarecer que, em 1918, apenas Catanduva havia se tornado município. O território de Rio Preto fazia divisa com os rios São Domingos, Turvo, Grande, Paraná e Tietê.
Na década de 1990, a laranja dominou a produção agrícola no município de São José do Rio Preto, conhecendo uma drástica redução de 1999 para 2000, quando 350 mil pés foram erradicados. O café aumentou sua produção de 300 mil para 350 mil pés de 1999 para 2000. O cultivo de seringueira atingiu 30 mil pés em produção e 15 mil pés novos. No setor da fruticultura, os números do Escritório de Desenvolvimento Rural apresentaram em 2000 o seguinte quadro: 18 mil pés de manga, 4.200 de coco, 5.000 de limão, 2.050 de goiaba e 2.000 pés de uva.
Segundo dados da Conjuntura Econômica, edição de 2020, página 67, o município fechou o ano de 2019 com 253.080 pés de seringueiras e 85 mil pés de laranja.
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