Os primeiros evangélicos presbiterianos chegaram a São José do Rio Preto por volta de 1890. Um estudo de Rubens Cintra Damião, encadernado pela pesquisadora Dinorath do Valle para a Casa de Cultura, revela que o primeiro pregador evangélico de que se tem notícia na região foi o presbiteriano Eduardo Ferreira Rocha, que era morador da Fazenda Barra Mansa e iniciou sua pregação onde hoje está o município de José Bonifácio, na fazenda Monte Alegre. Cintra Damião é preciso ao indicar que a primeira pregação aconteceu na residência de Antônio Custódio Braga.
Em 1893, o estudante de teologia e aspirante a pastor Benjamin Martins visitou a região três vezes, promovendo a primeira conversão local, a de Messias Antônio Braga. Porém, o primeiro ministro evangélico a visitar São José do Rio Preto e seu extenso território, foi o reverendo João Beatty Howell, em 1895, vindo de Jaú, acompanhado do futuro ministro da Igreja Presbiteriana Independente rio-pretense: Belarmino Ferraz. Um ano depois, em junho de 1896, vieram Vicente Themudo Lessa e Salomão Ferraz, que fizeram várias visitas, juntamente com Manoel Tertuliano, morador na região desde 1867, e que veio a ser o primeiro presbítero da Igreja em Rio Preto. Em 1904, o presbítero João Francisco Garcia, de Ribeirão Preto, fez pregações em Rio Preto e sofreu perseguição do padre católico que mandou a polícia prendê-lo. Ele foi libertado pela rápida ação dos membros da Loja Maçônica Cosmos, liderados pelo coronel Adolpho Guimarães Corrêa.
Dois anos depois, em 14 de junho de 1906, foi inaugurado o templo da Igreja Presbiteriana Independente, na Antonio Olímpio, atual Voluntários de São Paulo, ao lado do pequeno Cemitério dos Protestantes, desativado em março de 1900. A construção do templo teve à sua frente o trabalho e a dedicação do presbítero Manoel Tertuliano e dos diáconos Antônio Saturnino, Gabriel Bernabé e Manuel Neves.
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